农安县现有县人民医院、县中医院两家公立医院。2012年，针对两家公立医院的补偿机制开始了改革探索工作，逐步建立“维护公益性、调动积极性、保障可持续性”的公立医院运行机制。一是实行新农合、医保资金付费改革机制。2012年，农安县共有830722人参加新型农村合作医疗，参合率达99.99%，合作医疗基金总额达2.41亿元。为充分发挥新农合、医保资金的医疗保障作用，控制不合理用药、不合理检查和医疗费用的不合理增长，农安县新型农村合作医疗办公室在县级公立医院改革中实行了总额预算、按病种定额付费的支付方式。新农合办公室按年度预算总额，分月先拨付给公立医院80%，待对当月工作考核后拨付其余20%。同时，两家公立医院对确定的按定额付费管理病种实行了“先诊疗、后结算”的便民措施，新农合患者只交自费部分费用，不交押金就可以先住院治疗，解决了部分患者交不起押金的实际困难，群众非常满意。二是实施分级负责诊疗和提高报销比例机制。确定了县级公立医院能够诊治疾病种类501种;请上级医疗机构医师指导可以治疗有多种并发症或病情危重的疾病种类40种;乡镇卫生院能够诊治的疾病种类68种;村级卫生所能够诊治常见病种类31种。并调整了新农合患者医药费报销比例，在乡镇卫生院住院报销比例由85%提高到90%;在县级医院住院报销比例由75%提高到80%。据统计，今年外请上级医疗机构教授来农安治疗病情危重的疾病48例，仅此一项就为患者节省医药费用39.25万元，有效地为患者减轻了医疗费用负担。三是实行全部药品零差率销售和政府补偿机制。目前农安县的公立医院彻底改变了“以药养医”的传统经营管理模式，彻底取消了药品加成，全部药品实行了零差率销售，将公立医院原有的三个补偿渠道，改为服务收费和财政补助两个渠道，药品零差率减少的收入纳入财政预算，由政府承担。2012年2月，农安县组织召开了公立医院实行全部药品零差率销售工作动员大会，由农安县委、县政府督查室牵头，对全部药品实行零差率销售工作进行督导检查，确保了药品零差率销售政策的落实。同时，认真学习借鉴陕西省子长县的经验，对没有进入吉林省医药采购服务平台的非基本药物482个品规，实行了县级统一招标采购，使非基本药物价格总体下降20%以上，年节约药品支出2000万元，全部让利百姓。
